Shinichi Kudo là cậu thám tử học sinh nổi tiếng hàng đầu Nhật Bản, với kỹ năng phá án thiên tài không ít lần giúp cảnh sát bắt được thủ phạm các vụ án lớn. Trong một lần đi công viên Tropical Land cùng cô bạn gái Ran Mori, Shinichi bắt gặp hành động đáng ngờ của hai kẻ mặc áo đen. Không may, cậu bị chúng phát hiện và ép dùng chất độc APTX 4869. Bất ngờ rằng Shinichi không chết, cậu bị teo nhỏ thành một đứa trẻ 6 tuổi. Lấy tên Edogawa Conan, Shinichi thề sẽ lôi bọn áo đen ra ánh sáng và giải độc cho chính mình. 
Lấy bối cảnh bắt đầu bộ truyện, Thám Tử Lừng Danh Conan – Episode One: Ngày Thám Tử Bị Teo Nhỏ sẽ một mảnh ghép quan trọng trong đoạn kết sắp tới của Conan.