Shin – Cậu Bé Bút Chì sẽ trở lại với phần phim đầy mới mẻ về cuộc phiêu lưu của Shin và cậu bé người ngoài hành tinh Shiriri. Không chỉ mang nhiệm vụ cứu bố mẹ mình, Shin còn phải gánh trách nhiệm bảo vệ thế giới trên vai.
Khi câu bé người ngoài hành tinh Shiriri bất ngờ xuất hiện, cuộc sống của nhà Nohara bị xáo trộn. Bố mẹ Shin bị Shiriri vô tình biến thành trẻ con. Cậu phải giấu cậu bạn ngoài hành tinh trong quần và phiêu lưu tìm cha của Shiriri – người duy nhất có thể hóa giải phép thuật ấy. Không may, người đàn ông này cùng binh đoàn ngoài hành tinh đang có âm mưu tấn công trái đất.