Teenage Mutant Ninja Turtles: Out Of The Shadows kể về cuộc xung đột của các Ninja Rùa với nhà khoa học – tiến sĩ Baxter Stockman cùng sự trở lại của những kẻ thù cũ- The Shredder. Hắn thuê Stockman tạo ra đột biến cho bản thân. Cùng lúc đó, nhóm Ninja Rùa phát hiện ra Retro- Mutagen với hy vọng có thể giúp họ trở thành người. Khi New York bị những sinh vật Krang tấn công, nhóm giải cứu thành phố khỏi mối đe dọa nguy hiểm.